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苹果手机短信不显示在桌面上的设置方法有多种，具体取决于你指的是短信应用不显示在屏幕上的哪个位置。以下是几种可能的设置方法。
调整短信应用的位置
1、在手机屏幕上找到“设置”应用并点击打开。
2、在设置列表中找到并点击“通用”选项。
3、进入通用设置后，点击“Spotlight搜索”，确保短信应用已经开启，这样，在搜索栏中输入短信关键词时，短信应用会显示出来，如果短信应用没有显示在搜索列表中，可以尝试重新下载或重置手机，至于调整短信应用的位置，可以在主屏幕上长按应用图标进行拖动，将其放置到想要的位置。
方法二：隐藏短信通知图标
如果你想要隐藏短信通知图标而不是整个短信应用，可以按照以下步骤操作：
1、打开手机的“设置”。
2、进入“通知中心”。
3、找到并点击“短信”。
4、进入短信通知设置后，关闭“允许通知”开关即可隐藏短信通知图标，如果想要重新显示通知图标，只需再次进入该设置并开启允许通知即可，这将仅隐藏通知图标而不会删除短信。
方法三：使用第三方应用管理短信显示权限
有些第三方应用如iMyFone UmiGuard等可以管理iPhone上的各种应用的显示和通知权限，你可以尝试使用这些应用来管理短信的显示权限，但请注意，使用第三方应用时要确保其来源可靠并谨慎操作以避免数据丢失或安全问题，不同版本的iOS系统可能存在差异，建议根据自己的手机系统版本进行相应的设置操作，如果以上方法仍然无法解决问题，建议咨询苹果官方客服或寻求专业技术人员的帮助。